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水稻基因组(英语:Rice genome)是水稻(Oryza sativa)的基因组。共组成12个染色体。大约含有4亿3千万个DNA碱基对(以氢键相结合的两个含氮碱基),其中的一些碱基对,组成了约38000个基因,这个数字约是人类基因数目的1.7倍。
来自11个国家的团队,在国际水稻基因组定序计划中调查水稻与一些栽培亚种的基因组DNA序列,在2005年8月发表了初步的结果。