1977年至1978年卢修一任中国文化大学政治学系副教授,并兼任夜间部-行政管理学系主任。1979年9月,再赴巴黎缴博士论文,于1980年12月口试通过,取得巴黎大学政治学博士。回国后,任职中国文化大学。卢修一于巴黎大学进修时,得法国社会科学高等研究院(EHESS)名教授──戴高乐时期的纪业马将军(M.General Jacques Guillermaz)所指导,选择“日本统治时期的台湾共产党”做为博士论文的专题。这篇论文在学术界传说为卢被捕的导火线,海内外许多人认为卢因论文之故受有关当局注意已久。此博士论文于1989年由卢修一自行由法文翻译为中文后,交由前卫出版社于1990年进行出版《日据时代台湾共产党史:1928-1932》,2006年再版;根据此书自序指出,其博士论文于卢修一坐牢期间,调查局亦曾找人进行翻译,并于1986年付梓,但调查局翻译版错误甚多且扭曲原意。