台南市医疗机构列表，系根据行政院卫生署依各医疗机构规模、功能、服务范围及医疗品质所做的医院评鉴、教学医院评鉴及督导考核，共分为三个等级。台南市的特优医院有3所、优等医院有7所、合格医院有19所，本列表系列出属于合格医院以上等级之医疗院所。
| 医院名称
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地区 |
现任院长 |
医师数目 |
员工数目 |
总病床数 |
创院时间 |
面积（公顷）
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| 国立成功大学医学院附设医院
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北区 |
林炳文 |
532名 |
2,648名 |
1193床 |
1988年 |
7.4公顷
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| 奇美医疗财团法人柳营奇美医院
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柳营区 |
黄顺贤 |
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876床 |
2004年 |
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| 台南市立医院
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东区 |
蔡良敏 |
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1,170名 |
637床 |
1988年 |
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| 医院名称
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地区 |
现任院长 |
总病床数 |
创院时间 |
面积（公顷）
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| 卫生福利部台南医院
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西区 |
李伯璋 |
663床 |
1896年 |
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| 台湾基督长老教会台南新楼医院
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东区 |
刘启举 |
466床 |
1865年 |
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| 台湾基督长老教会麻豆新楼医院
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麻豆区 |
刘启举 |
379床 |
1997年 |
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| 郭综合医院
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中西区 |
郭宗正 |
367床 |
1958年 |
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| 奇美医疗财团法人佳里奇美医院（原佳里医疗社团法人佳里医院）
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佳里区 |
周伟倪 |
333床 |
1994年 |
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奇美医疗财团法人奇美医院
及树林院区
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南区 |
邱仲庆 |
1284床 |
1990年 |
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| 卫生福利部胸腔病院及其门诊部
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仁德区 |
李伯璋 |
102床 |
1915年 |
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| 台南市立安南医院-委托中国医药大学兴建经营
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安南区 |
林圣哲 |
956床 |
2013年 |
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| 医院名称
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地区 |
现任院长 |
创院时间 |
面积（公顷）
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| 卫生福利部新营医院
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新营区 |
蔡明世 |
1948年 |
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| 卫生福利部新营医院北门分院
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北门区 |
谢文淮 |
1978年 |
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| 卫生福利部台南医院新化分院
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新化区 |
李伯璋 |
2001年 |
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| 高雄荣民总医院台南分院
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永康区 |
郑锦翔 |
1957年 |
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| 营新医院
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新营区 |
郑群亮 |
2000年 |
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| 志诚医院（原陈志诚耳鼻喉科医院）
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北区 |
陈志诚 |
1993年 |
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| 新兴医疗社团法人新兴医院
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新营区 |
林金德 |
1973年 |
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| 仁爱医疗社团法人仁爱医院
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东区 |
许重庆 |
1986年 |
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| 永和医院
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中西区 |
杨永和 |
1985年 |
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| 洪外科医院
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中西区 |
洪正义 |
1990年 |
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| 信一骨科医院
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新营区 |
王志坚 |
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| 宏科医院
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善化区 |
谢志宏 |
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| 永达医疗社团法人永达医院
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永康区 |
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| 开元寺慈爱医院
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北区 |
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| 永川医院
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中西区 |
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| 仁村医院
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中西区 |
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| 佑昇医院
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白河区 |
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| 新生医院
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佳里区 |
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| 医院名称
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地区 |
现任院长 |
创院时间 |
面积（公顷）
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| 晋生医疗社团法人晋生慢性医院
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永康区 |
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