MyISAM是MySQL的预设资料库引擎（5.5版之前），由早期的ISAM所改良。虽然效能极佳，但却有一个缺点：不支援事务处理（transaction）。不过，在这几年的发展下，MySQL也导入了InnoDB（另一种资料库引擎），以强化参考完整性与并行违规处理机制，后来就逐渐取代MyISAM。
每个MyISAM资料表，皆由储存在硬碟上的3个档案所组成，每个档案都以资料表名称为主档名，并搭配不同副档名区分档案类型：
.frm－－储存资料表定义，此档案非MyISAM引擎的一部份。.MYD－－存放真正的资料。.MYI－－储存索引资讯。
与InnoDB之比较[编辑]
- InnoDB可借由交易记录档（Transaction Log）来恢复程式崩溃（crash），或非预期结束所造成的资料错误；而MyISAM遇到错误，必须完整扫瞄后才能重建索引，或修正未写入硬碟的错误。InnoDB的修复时间，大略都是固定的，但MyISAM的修复时间，则与资料量的多寡成正比。相对而言，随著资料量的增加，InnoDB会有较佳的稳定性。
- MyISAM必须依靠作业系统来管理读取与写入的快取，而InnoDB则是有自己的读写快取管理机制。（InnoDB不会将被修改的资料分页立即交给作业系统）因此在某些情况下，InnoDB的资料存取会比MyISAM更有效率。
- InnoDB目前并不支援MyISAM所提供的压缩与terse row formats，所以对硬碟与快取记忆体的使用量较大。因此MySQL从5.0版开始，提供另一个负载较轻的格式，他可减少约略20%的系统负载，而压缩功能已计画于未来的新版中推出。
- 当操作完全相容ACID（交易）时，虽然InnoDB会自动合并数笔连线，但每次有交易产生时，仍至少须写入硬碟一次，因此对于某些硬碟或磁碟阵列，会造成每秒200次的交易处理上限。若希望达到更高的效能且保持交易的完整性，就必使用磁碟快取与电池备援。当然InnoDB也提供数种对效能冲击较低的模式，但相对的也会降低交易的完整性。而MyISAM则无此问题，但这并非因为它比较先进，这只是因为它不支援交易。
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