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方端士（?—?），字百里，南直隸六合縣人，明朝末年至南明大臣。
1645年閏六月二十三，時任監軍兵部職方司郎中的方端士，和工部虞衡司員外駱方璽，刑部雲南司主事史繼鰍等，督兵至義橋抗擊清軍。十月十二，鎮東監軍方端士上岸疾馳，挽弓射北，發無不中。魯王朱以海以方端士果敢有為，加僉都御史，撫治浙西，加兵部職方司主事，監其軍。1646年，魯王至舟山，方端士和張煌言、熊汝霖、孫嘉績、錢肅樂等隨從。1649年，魯王逃到海上，都御史方端士和黃宗羲前去投奔。1660年，已經擔任大學士的方端士降清。
