亞佛加厥 (軟件)
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| 首次釋出 | 2009年10月23日 |
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| 目前版本 | 1.1.1（2013年12月11日） |
| 預覽版本 | Avogadro 2：0.8.0（2015年8月17日） |
| 原始碼庫 | |
| 程式語言 | C++ (Qt) |
| 作業系統 | Linux, Mac OS X, Microsoft Windows |
| 特許條款 | Avogadro 1：GNU通用公眾特許條款 Avogadro 2：3句版BSD特許條款 |
| 網站 | avogadro.openmolecules.net |
阿佛加德羅（英語：Avogadro）是一個分子編輯軟件，是一款自由軟件，被設計用於計算化學，分子建模，生物化學，材料科學， 以及相關領域的跨平台軟件[1][2][3][4]。並且提供添加外掛程式，附加元件或外掛程式的功能[5]。其名稱是以意大利化學家阿佛加德羅命名的。
特點
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- 分子構造/編輯器可在Windows， Linux和Mac OS X三種平台上運作。
- 所有的原始碼皆發佈於GNU GPL（Avogadro 2則改用3句版BSD特許條款特許）。
- 支援多國語言，目前有翻譯成中文、法語、德語、意大利語、俄語和西班牙語（預設語言為英文）。
- 支援多線程渲染和計算。
- 外掛程式架構的開發，包括渲染、互動式工具、命令、和Python指令碼。
- 能openbabel匯入檔案，輸入生成多種計算化學程式產生的封包、晶體和生物分子。
歷史
[編輯]2007年5月17日發表了Avogadro，為第一次正式公測，也是該軟件首個發佈的版本，0.1.0版，截至2009年6月，已發佈到0.9.8版，當時就已經包含了很完整的功能。
2009年6月12日，Avogadro被開源發表於Qt。6月23日，Avogadro榮獲SourceForge社區選 擇獎「院士項目」的獎項。10月23日，Avogadro改版並發佈1.0正式版，並使用GNU GPLv2條款[6]。目前最新版本是1.1.1。
2013年4月11日，Avogadro專案釋出Avogadro 2的首個測試版本，其成為Open Chemistry軟件套裝的一部份[7] ，與其他兩個軟件可以一起使用，也能分開執行，使用Qt4重新編寫代碼，並加入了一系列的新功能，且改為使用3句版的BSD特許條款特許。
功能
[編輯]基本功能為分子編輯，創建及構造，並可選擇週期表上任意元素，透過更改元素資料庫，甚至能添加一些新的元素，如:電子偶素與渺子偶素。另外，程式附有自動加上氫功能，能依據酸鹼值添加氫原子，並附有分子結構最適化功能，能依據價電子排斥理論或分子軌域理論進行計算分子結構。
令外有額外的分子力學、生物化學、光譜學等功能，但是要先自行準備數據庫方可使用。
程式有內附測量功能，可測得鍵角與鍵長等分子物理量，並且能找出其分子的所有異構物。
缺點
[編輯]由於資料庫資料有限，因此作出的分子結構會與實際值有所誤差，因此，使用軟件作出的一些數據僅供參考，應以實際實驗為主，軟件僅作為輔助功用。
例子
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例如要製作一個丙硫醇，只需現任意將三個碳連接起來，在使用內附的加上氫功能，然後在任意碳上接一個硫，最後再使用分子結構最適化，程式會依據分子力學、元素資料、電負度、孤對電子數等資訊用不同的模型計算出最接近真實的分子結構。
| 三個碳 | 三個碳加上氫 | 分子結構最適化 |
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相關條目
[編輯]參考文獻
[編輯]- ^ Hanwell, Marcus D; Curtis, Donald E; Lonie, David C; Vandermeersch, Tim; Zurek, Eva; Hutchison, Geoffrey R. Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. J. Cheminform. 2012, 4 (1): 17. PMC 3542060
. PMID 22889332. doi:10.1186/1758-2946-4-17.
- ^ Ral Mera-Adasme; Fernando Mendizbal; Claudio Olea-Azar; Sebastin Miranda-Rojas; Patricio Fuentealba. A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure. J. Phys. Chem. A. 2011, 115 (17): 4397–4405. PMID 21469689. doi:10.1021/jp107498h.
- ^ Michael Salciccioli; Weiting Yu; Mark A. Barteau; Jingguang G. Chen; Dionisios G.Vlachos. Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt UsingTheory and Isotopic Labeling Experiments. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (20): 7996–8004. PMID 21526776. doi:10.1021/ja201801t.
- ^ Open Babeldocumentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; Blue Obelisk (Organization)
- ^ home page[永久失效連結]
- ^ 開發者網頁 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） sourceforge.net [2013-11-21]
- ^ Marcus Hanwell. First Open Chemistry Beta Release. [2013-12-16]. （原始內容存檔於2015-08-13）.
