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識別序列(英語:recognition sequence),有時也被稱為識別位點(英語:recognition site),指會與DNA連結的特定蛋白質模體所指定連結的核酸序列。識別序列也屬於迴文序列。
以轉錄因子 Sp1 為例,能結合於序列 5'-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3', 此處(G/T)表示該位置只要是鳥嘌呤(G)或胸腺嘧啶(T)其中一者即可結合。
比如,限制酶 PstI 能識別、結合併切割序列 5'-CTGCAG-3'。