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1998–99年香港甲組足球聯賽(英語:Hong Kong First Division Football League),是第 87 屆香港甲組足球聯賽,本屆聯賽共有 8 隊參賽球隊,首循環冠軍是愉園,次循環冠軍是南華。而總冠軍是愉園隊,他們第 3 次贏得港甲冠軍。